人類和其他動物的胃壁上有一種特殊的腺體，能把吃下去的食鹽變成鹽酸。鹽酸是胃液的一種成分（濃度約為0.5%），它能使胃液保持激活胃蛋白酶所需要的最適合的pH值，它還能使食鹽中的蛋白質變性而易于水解，以及殺死隨食物進入胃里的細菌的作用。此外，鹽酸進入小腸后，可促進胰液、腸液的分泌以及膽汁的分泌和排放，酸性環境還有助于小腸內鐵和鈣的吸收。 　　日常用途制取潔廁靈，除銹劑等產品。

例如，制化學醬油時，將蒸煮過的豆餅等原料浸泡在含有一定量鹽酸的溶液中，保持一定溫度，鹽酸具有催化作用，能促使其中復雜的蛋白質進行水解，經過一定的時間，就生成具有鮮味的氨基酸，再用苛性鈉（或用純堿）中和，即得氨基酸鈉。制造味精的原理與此差不多。 　　 

無機藥品及有機藥物的生產 　　 

鹽酸是一種強酸，它與某些金屬、金屬氧化物、金屬氫氧化物以及大多數金屬鹽類（如碳酸鹽、亞硫酸鹽等），都能發生反應，生成鹽酸鹽。因此，在不少無機藥品的生產上要用到鹽酸。

在醫藥上好多有機藥物，例如奴佛卡因、鹽酸硫胺（維生素B1的制劑）等，也是用鹽酸制成的。